通过副本需要综合运用策略、操作技巧和资源管理。确保角色战力达标是基础，装备强化、勾玉镶嵌和天赋升级能显著提升属性。副本中优先攻击主BOSS可节省时间，避免被小怪消耗血量，同时合理利用自动战斗功能解放双手，但需注意BOSS战仍需手动操作以保证连招效率。
技能释放时机至关重要，扫地技能（如小南的3个技能、宇智波鼬的天照）可在敌人落地时重置保护继续连招。替身术应在敌方控制技能命中前使用，通灵兽则建议在敌方无替身或自身满奥义点时释放，用于起手或反打。秘卷选择需根据副本特点，雷击适合打断，水龙卷用于自保，霸体可应对敌方爆发。
例如秘境探险中，BOSS烈火之忍偶会释放火壁和地火，观察红圈提示可规避伤害；落岩秘境需优先击破藏有BOSS的石像阻止陨石坠落。团队副本如忍界大战需分工明确，高战力队伍集中攻打尾兽化金角，其他队伍压制查克拉。多练习聚怪技巧可提升清怪效率，节省通关时间。
金币优先用于购买体力刷精英副本获取碎片，声望通过试炼之地、武斗祭和组织叛忍活动积累。每日完成排行榜点赞、修行之路和小队突袭可稳定获取铜币与材料。低战力阶段可借助高爆发忍者（如鹿丸）或控制型秘卷弥补输出不足。暴怒带土、须佐能乎忍者凭借高段数普攻和免控效果适合持久战；阿飞的地雷原术对地面型敌人压制力强，但需规避空中技能打断。若卡关可更换忍者尝试，例如我爱罗的砂暴送葬能有效压制倒地BOSS。
