科祖梅尔关卡的起始阶段需要掌握基本移动和攀爬技能，并按照关键线索推进剧情。该阶段始于墨西哥科祖梅尔正在庆祝的亡灵节，劳拉与约拿汇合后，核心任务是追踪圣三一组织的多明格斯博士。流程上，玩家需控制劳拉穿过小镇广场，避开守卫，从砖墙缝隙爬行并翻越木栅栏以进入目标区域。在此过程中，劳拉的笔记本会自动记录关键信息，例如圣三一徽章和约拿·玛依阿瓦等文物，这些收集品有助于提升对游戏背景的理解。开局的关键在于跟随游戏指引，无需进行复杂战斗，熟悉环境并触发后续剧情即可。
进入科祖梅尔洞穴遗迹后，探索的核心是解决一系列环境谜题并安全通过陷阱。首先遇到的障碍往往是被封住的门洞，需要使用绳索箭矢射击白色绳索绑定的封板将其拉开。在前进的路径上，务必留意并解除各种机关，例如地面上的绊脚绳或坍塌地板，靠近后用刀割断绳子是标准解法。通道有时会被水流阻断，此时需要跳入水中潜水前进，游戏会提供专门的换气点，根据屏幕提示操作即可安全通过水道。在探索月亮神庙等遗迹时，玩家需要利用场景中的升降吊钟进行跳跃，通过三个不同高度的吊钟跳到对面平台是常见的行进方式。
通过遗迹内部的深入探索，玩家将接触到更具挑战性的推车与转盘组合谜题。到达上层平台后，用绳索箭矢拉开另一个门洞的封板，并将旁边的推车推下，这会触发机关使右边的吊钟升起，从而创造出新的跳跃路径。在另一处场景，需要将推车推到山下的转盘上，然后转动转盘调整推车方向，使其绳索一端朝向劳拉。接着砍断原有绳子，用绳索箭矢将推车与转盘重新连接，再次转动转盘可将推车拉回。当推车再次被推下后，关键的吊钟会升起，玩家需从右侧高台跳上抬高的吊钟，并迅速跳上绳梯向上攀爬。这些步骤需要仔细观察环境并有序操作。
成功通过遗迹内部挑战后，玩家将在悬崖末端利用钩斧下降以获取关键物品查克切尔的钥匙。随后剧情推进，劳拉会来到敌人的根据地，此时需要转入潜行或战斗。建议利用周围的环境物品或弓箭吸引敌人注意力，逐个进行暗杀以清除威胁。如果被敌人发现或在清除过程中，可能会有增援部队乘直升机抵达，其中包括装甲警卫，因此需要做好应对高强度战斗的准备。清理完区域的所有敌人后，穿过拱门并使用攀爬斧打开大门，即可进入下一个阶段。在整个科祖梅尔关卡探索期间，有意识地收集资源和解锁挑战是提升角色能力的重要环节。场景中散布着多种形式的资源，例如布料、药物、黄金矿物及各种植物，它们可用于治疗、制造弹药和升级武器。
