主力舰编队的核心在于平衡火力输出与防御能力，同时考虑指挥值分配和舰船定位。阳电子、马尔金、神农、黑鸟四类主力舰各具特色，阳电子以超远射程和稳定输出见长；马尔金凭借高生存能力适合持久战；神农提供团队伤害增益并兼具机动性；黑鸟则通过防御加成保护队友。编组时需根据战场需求选择1-2种主力舰作为核心，搭配巡洋舰或驱逐舰填补功能空缺。
舰队站位遵循前中后排基础逻辑，系统根据舰船蓝图自动分配位置。防御型主力舰如黑鸟通常置于前排吸收伤害，中排安排具备范围增益或治疗功能的舰船，后排保留高输出单位。需注意舰队整体速度受最慢舰船影响，主力舰与护航艇混编时可能拖累机动性。增援功能可突破指挥值限制，但会取消曲速航行能力，需提前规划行军路线。
舰载机与护航艇的编组需配合主力舰特性。面对防空薄弱对手时可搭载轰炸机强化输出，遭遇舰载机群则需配备防空型护航艇。奶船如卫士支援型、谷神星增援型能有效降低战损率，但会占用输出位。主力舰编队通常不单独配置奶船，而是通过快速歼灭敌方减少受损概率，或依赖基地维修设施恢复状态。
攻城作战需编入诺玛M470等攻城舰，对抗大型战舰优先选择卡利斯托级鱼雷舰。若敌方以能量武器为主，红宝石离子炮型护卫舰可有效克制。编队方案应保存为模板以便快速部署，但需定期根据敌情调整。通过模拟战斗数据测试不同阵容的实战表现，优化技术点分配方案。
