进入丛林后，首先要制作基础工具如弓箭，材料包括绳子、木材和羽毛，这些是后续狩猎和解决谜题的关键道具。在初始阶段，你需要利用攀岩斧攀爬岩壁上的白色划痕，这是可攀爬区域的标志，同时使用绳索箭连接环形木制目标或绳索点来穿越悬崖和裂缝。观察环境并使用合适的装备是顺利推进的关键，例如在遇到密道时精准把握时机进行操作。丛林中的核心谜题多围绕机关操作和环境互动展开，例如使用绳索箭射击绳圈以释放桥梁或打开新路径。部分机关需要限时完成，比如推动石轮后快速跳至下层连接绳索。与伙伴约拿合作能引导水流或触发机制，而滑索系统则需要借助高地跳跃和弓箭牵引通过峡谷，过程中需注意调整角度和避免坠落。环境中的元素如杠杆或可潜水区域往往隐藏着通往秘密的道路，解谜时要善于结合物理原理和工具运用。
收集品是秘鲁丛林探索的重要组成部分，包括文物、壁画、求生贮藏点、文献等总计34项物品。使用生存本能技能可以将这些元素高亮显示，探险家背包则能在地图上标记墓穴和宝箱位置，帮助提高效率。文献和壁画通常分布在特定场景如枯死大树旁或小型祭坛附近，部分需要破坏藤蔓或清理杂物才能获得。壁画和文献不仅能丰富游戏背景故事，还常常与解谜线索相关联。
古墓挑战如冥界之门和审判凝视是该区域的重点内容，冥界之门需用绳索箭矢拉开木栏并破坏机关绳索，而审判凝视则涉及操纵水位变化来破解石门机关。完成这些古墓可以提升角色技能等级，增强后续探险能力。挑战任务如射落拟椋鸟巢或树冠层植物，要求玩家击中高处悬挂的八个目标。这些目标位置在树梢或岩壁上，有时被树叶遮挡，需要调整视角进行精准射击。部分隐藏路径可能需要后期工具如开锁器或攀爬器方可解锁。
资源收集和技能管理在游戏中占有重要位置，硬木和羽毛等资源可从特定树木和鸟类巢穴获取，用于升级装备或制作特殊箭矢。独石碑作为收集要素，破译需要克丘亚知识达到专业等级，通过学习文献可以逐步提升。在探索时要留意环境中的细节，例如特定岩壁或水下区域，往往藏着稀有物品或线索。部分区域如南角的水中洞穴只能通过游泳进入，因此适时返回探索往往能发现新内容。陷阱和敌人遭遇往往与资源分布紧密相关，合理规划行动路线可以提高整体进展速度。
