总共存在四个强大而神秘的秘密结社，它们分别是弥涅耳瓦夜莺、黄金黎明学会、虚空吟唱者以及血色契约。这个模式为玩家提供了全新的策略维度，一旦选择加入某个结社，便会在整场游戏中持续获得其独特的加成，且无法中途更换，因此选择时需要慎重考虑。每个结社的发现途径各不相同，通常需要玩家在游戏早期通过特定的行动来触发，例如向未有使者的城邦派遣使者、发现自然奇观、探访部落村庄或清除蛮族营地，成功触发后不仅可以选择加入，还能立即获得一个宝贵的总督点数。
这四个结社的作用和侧重点差异显著，为不同的胜利路线和玩法风格提供了支撑。弥涅耳瓦夜莺由权贵和富人组成，侧重于政治、贸易与间谍活动，其加成能提供额外的经济政策槽位，并通过商路快速获得城邦使者，中后期还能建造增强文化的镀金宝库、增加通配符政策槽并强化间谍能力。黄金黎明学会由异端科学家和炼金术士构成，专注于科技、伟人与资源，其能力能揭示提供强大区域相邻加成的地脉资源，建造替代大学的炼金学会以提升产出，并通过伟人获取来进一步增强地脉的收益。虚空吟唱者是一个崇拜黑暗旧神的教会，侧重宗教、遗物与忠诚度，它提供强大的信仰值产出，能将信仰转化为科技与文化，并能使用邪教徒单位影响他国城市忠诚度并获取遗物。血色契约则充满对鲜血的渴望，主打强大的军事力量，加入后可直接获得一个能永久成长且不死的吸血鬼单位，并能建造为首都输送巨额产出的吸血鬼城堡。
选择哪个结社主要取决于玩家的游戏策略、所选文明的特色以及期望的胜利方式。如果玩家计划走文化或外交胜利路线，并注重贸易网络，弥涅耳瓦夜莺的贸易与政策槽加成会非常有效。对于专注于科技胜利，尤其是需要快速攀升科技树的玩法，黄金黎明学会的地脉与伟人加成能提供巨大助力。若玩家的策略围绕宗教展开，或希望利用信仰值进行多方面扩张，虚空吟唱者提供的早期信仰爆发和转化能力是关键。而对于追求征服胜利的玩家，血色契约提供的可成长吸血鬼单位以及城堡的产出加成，能显著增强早期到中期的军事压制力与后勤支撑。
除了直接的加成外，加入秘密结社还会带来一些外交层面的影响。与选择了同一秘密结社的其他文明结盟，双方积累同盟点数的速度会加快，并且彼此之间更容易产生正面的外交看法。相反，如果其他领袖意识到了你属于不同的结社，则可能会对你产生厌恶。这种设计增加了游戏外交的复杂性和策略性，玩家在考虑结社选择时，也可以将邻居或潜在盟友的结社倾向作为一个参考因素。
