清除感染区的核心方法是使用火焰攻击巢穴，你可以投掷场景中的油桶然后射击点燃，或者直接向巢穴投掷燃烧瓶，最经济高效的手段是使用火焰弩箭，因为消耗相同的燃料可以制作出更多的火焰箭矢。选择在白天执行清除巢穴的行动会更为安全，因为白昼时分在巢穴周围活动的变异者数量会相对减少，这能让你在接近目标和准备攻击时面对更小的干扰与风险。
巢穴的位置无需过度担忧，当你驾车或步行靠近感染区时，具体的巢穴点位会自动标记在你的地图上，即便相隔一定距离，你也常常能用肉眼观察到巢穴所在的建筑或树木，地图上会用醒目的红点来标示它们的精确地点。游戏中的部分感染区在主线剧情推进到特定阶段前是无法进入或尚未解锁的，例如洛斯特湖和火山口湖的某些区域，你只需跟随剧情发展，这些地方最终都会开放，所有的巢穴都不会因为剧情进度而永久错过，即使在通关后你依然可以返回并完成清理。
执行焚烧时，将火焰投掷或射击到巢穴上即可，成功引燃后巢穴会被彻底烧毁，虽然过程中可能会有大量变异者从巢穴中冲出，但你的目标只是摧毁巢穴本身，并不需要将它们全部歼灭，完成清除后地图上的对应标记也会消失。火焰弩箭相比燃烧瓶具有显著优势，同样的燃料可以制作出三支弩箭而非一个瓶子，这让你在清理多个巢穴或面对巢穴群时能坚持更久，因此优先解锁并携带弩箭进行作业是更为明智的选择。
