矿石是支撑指挥官发展的核心基础资源，其用途贯穿于角色变强、舰船制造与游戏经济循环的方方面面。游戏内的矿物主要分为五种，即半导体凝胶、碳氢聚合物、超导陶瓷体、氧化物晶体和铱钛合金，不同品质的矿石在游戏中扮演着不可或缺的角色。这些矿石是指挥官进行科研学习、生产各类舰船及装备的必备原材料，从根本上决定了指挥官科技实力的攀升速度与发展上限。
矿石最直接的消耗途径是科研系统与生产系统。科研是提升角色实力的固定竞争力之一，后期科研等级的提高会消耗大量矿石。在生产系统中，无论是制造更高级的舰船，还是组合上千种不同类型的武器、装置和组件，乃至最终生产出泰坦级的超级旗舰，都需要依赖相应种类和数量的矿石作为材料基础。矿石的储备量直接关联到指挥官能否解锁高级科技、驾驶更强舰船，是在宇宙中立足的根本。
矿石也是一种可流通和转换的重要资产。游戏内存在物联币和军团奖励点这两种货币，它们可以在商贸区商店或军团设施中直接购买矿石资源。反过来，通过消耗矿石和白币，指挥官可以将图纸转化为实物装备，这些成品可以在交易行出售以换取联储币，从而形成一个货币换取矿石，矿石通过生产再换取货币的资源良性循环。这使得矿石不仅用于自身消耗，也成为了玩家进行市场贸易、积累财富的关键环节。
矿石的获取方式多样，主要分为主动采集与被动收益两大类。最稳定的获取方式是舰长派遣，指挥官可以指派具有探险家职业和采矿特长的雇佣舰长，驾驶货舱容量大的工业舰，在富饶度高的星系执行开采陨石的指派任务，以此获得长期而稳定的矿石收益。参与军团活动也能在短时间内获得相当于多支派遣舰队数小时收益的大量矿石，是快速积累资源的有效手段。
对于希望主动采集的指挥官，则需要在舰船上装备定向引力波扫描器，前往太空扫描定位当前恒星系内的富矿小行星带，跃迁至目标位置后击碎小行星并采集碎片。更高等级的矿石，如氧化物晶体和铱钛合金，通常需要通过深空探秘、探索不同等级的虫洞等更具挑战性的玩法来获取。这些活动伴有更高的风险，但回报也更为丰厚，是获取高级稀缺矿产的主要来源。
