组建队伍时，忍者选择至关重要：玩家应优先考虑角色技能是否适合副本机制，例如避免使用大招带抓取效果的忍者以防打断队友输出链。通过组队界面匹配或等待队友加入，可开启普通或困难模式，困难模式通常提供双倍秘卷碎片等奖励。系统如小队突袭允许单刷或组队开局，但匹配需所有成员到位才能开始挑战；合理评估团队战力分布，例如让高战玩家担任核心攻击手，低战玩家专注于降低封印值或清理次要目标，能有效分摊压力和风险。天赋和装备升级应作为前期准备，以增强忍者生存能力和输出效率。
针对不同副本类型，策略需量身定制：佩恩入侵副本分为多个阶段，第一阶段需集中攻击单一佩恩，第二阶段则避免攻击天道核心目标，转而处理周边单位；忍界大战副本中，低战力玩家可在初始阶段退出节省时间，第二阶段全员集火所有BOSS，第三阶段由高战玩家攻击尾兽。小队突袭模式强调稳定协作，通关失败常源于成员掉线；困难模式收益更高但要求更精密配合，玩家应优先完成日常前三次挑战以利用双倍机制。整体上，副本设计鼓励玩家利用X轴技能释放时机和扫地技巧重置敌人保护，但需在浮空高度足够时出手。
秘卷如雷击或水龙卷应在替身后释放作防御或打断，通灵兽则用于无替身时起手或反霸体扛伤。普攻技巧上，玩家需练习抓取敌人以衔接连招，避免时间浪费；副本如试炼之地消耗体力，丰饶之间需一分钟内优先集火主BOSS以减少干扰，武斗祭则培养多个忍者属性以应对多变战局。每日完成排行榜点赞和组织叛忍活动可补充铜币等资源，支持长期副本参与；修行之路爬塔也能提供经济收益，辅助装备强化。
高级注意事项强调团队协作和效率：高战玩家主导输出时，低战成员应专注增益或机制任务，如忍界大战中降低封印值；忍者偏好上，选择能为团队提供buff的类型更利于持久战。每次副本后复盘替身释放时机，避免过早耗尽。持续练习普攻抓取和秘卷反制能提升个人贡献，最终实现高效通关。通过重复挑战积累经验，玩家能熟练掌握分工策略，确保副本奖励最大化。
