进入遗忘方舟后，宝贝们需要先解锁魔法商店功能。这需要完成魔法季先祖的六色光芒收集任务，分别是红、蓝、青、绿、紫、橙六种颜色的光球。每收集一种光芒并提交给向导先祖，方舟的生态环境就会逐渐恢复，直到最后解锁全部魔法工坊。
完成所有任务后，魔法商店会出现在方舟的三个固定位置。主店位于沉船一楼，桌面上漂浮着光球，这里能兑换体型重塑类魔法，比如大只佬或小不点药水。分店在船舱一层发光处，提供功能型魔法，像漂浮药剂和光能补充剂。还有一个每日免费魔法点，位于方舟右上方粉色棚子下，每天随机刷新烟花或璀璨之星等小道具。
在魔法工坊界面选中想要的物品，确认后会自动扣除对应货币。部分魔法是限时效果，比如变装魔法只能维持10分钟，而体型药水可以永久改变身高。如果想重置效果，需要重新兑换。每日免费魔法不需要消耗材料，但只能领取一次，记得每天来逛逛。
如果找不到兑换入口，宝贝们可以传送到墓土后直接往右飞，乘坐小船抵达方舟。靠近商店区域时，会出现明显的闪光提示图标。和好友组队能提高效率，比如双人门需要合作开启，某些魔法效果也适合多人互动使用。方舟的魔法种类会随进度增加，完成任务越多，可兑换的内容越丰富。
红色光芒在方舟后方黑水潭附近，蓝色在霞谷溜冰场水下，青色藏在云野入口的云层中，绿色需在浮岛等待飞鸟投放，紫色位于禁阁双人门内，橙色则在雨林水母图亭子周围。收集时注意环境变化，部分光芒会移动或短暂消失。
